Bakanlar Kurulu tarafından yayınlanan kararnamede ilk dikkat çeken, rektörlük seçimlerinin kaldırılması oldu. 

KHK'ya göre, rektörlük seçimi şu şekilde yapılacak: “Devlet üniversitelerinde rektör Yükseköğretim Kurulu tarafından önerilecek, profesör olarak en az üç yıl görev yapmış üç aday arasından Cumhurbaşkanınca atanır. Bir aylık sürede önerilenlerden birisinin atanmaması ve Yükseköğretim Kurulu tarafından, iki hafta içinde yeni adaylar gösterilmemesi halinde Cumhurbaşkanınca doğrudan atama yapılır.

Rektörün görev süresi 4 yıldır. Süresi sona erenler aynı yöntemle yeniden atanabilirler. Ancak aynı Devlet üniversitesinde iki dönemden fazla rektörlük yapılamaz. Rektör, üniversite veya yüksek teknoloji enstitüsü tüzel kişiliğini temsil eder. Vakıflarca kurulan üniversitelerde rektör, mütevelli heyetinin Yükseköğretim Kuruluna teklifi ve Yükseköğretim Kurulunun olumlu görüşü üzerine Cumhurbaşkanı tarafından atanır.”