Gebze Çoban Mustafa Paşa Külliyesi’nin önemli bir parçası olan tarihi kervansaray eski çarşı içindeki binaların arasında kalmıştı. Etrafı beton binalarla çevrili olan kervansaray bir şekilde birileri tarafından ele geçirilmiş ve depo veya başka şekillerde kullanılıyordu.  Kocaeli Valiliği ile Büyükşehir Belediyesi tarihi yapıyı ortaya çıkarmak için çalışma başlattı. Buna göre kervansarayın etrafında ki binalar kamulaştırılarak yıkılacak ve kervansaray gün yüzüne çıkarılacaktı. Nitekim bu konuda kamulaştırılması yapılan üç bina yıkıldı ancak çalışmalar aylardır durdu. Yıkılan binalar öylece dururken öteki binaların ne zaman yıkılacağı ise belli değil. Gebzeliler şimdi yıkılan binaların kötü görüntüsü ile kervansarayın etrafından ki binaların ne zaman yıkılacağını soruyor. Ayrıca projenin bu kadar ağır aksak ilerlemesi de projeyi yürütenlerin bu konuya yeterince önem vermemelerinden kaynaklandığı da ifade ediliyor.